Η Συμφωνία της Βάρκιζας δεν ήταν μια «τυπική», ως προς την διαδικασία της, πολιτική πράξη. Πολλά στοιχεία την διαφοροποιούσαν από την τρέχουσα πολιτική ή διπλωματική πρακτική. Ο χώρος όπου υπογράφηκε ήταν ένα από αυτά: η στέγαση των διαπραγματεύσεων σε ένα ιδιωτικό σπίτι, την «Βίλα Κανελλόπουλου», και σε όχι κάποιο δημόσιο κτίριο είχε τη δική του συμβολική σημασία. Ακόμα πιο σοβαρή παρατυπία μπορεί να θεωρηθεί η σύνθεση των εκατέρωθεν αντιπροσωπειών. Η αντιπροσωπεία της Αντίστασης είχε συγκροτηθεί στο υψηλότερο δυνατό επίπεδο καθώς περιλάμβανε τον Γενικό Γραμματέα του Κομμουνιστικού Κόμματος της Ελλάδας, τον Γιώργη Σιάντο, τον Γραμματέα της Κεντρικής Επιτροπής του Εθνικού Απελευθερωτικού Μετώπου, Δημήτρη Παρτσαλίδη, και τον Ηλία Τσιριμώκο, Γραμματέα της Ένωσης Λαϊκής Δημοκρατίας (ΕΛΔ). Ο δε στρατιωτικός που συνόδευε την πολιτική αντιπροσωπεία ήταν ο στρατηγός Στέφανος Σαράφης, στρατιωτικός διοικητής του Ελληνικού Λαϊκού Απελευθερωτικού Στρατού (Ε.Λ.Α.Σ.). Από την άλλη πλευρά η κυβερνητική αντιπροσωπεία είχε συγκροτηθεί σε «υπηρεσιακό» θα λέγαμε επίπεδο και δεν περιλάμβανε κανένα πολιτικό ή στρατιωτικό πρόσωπο «πρώτης γραμμής». Τη συγκροτούσαν ο υπουργός εξωτερικών, Ιωάννης Σοφιανόπουλος, ο Υπουργός εσωτερικών, Περικλής Ράλλης και ο υπουργός γεωργίας, Ιωάννης Μακρόπουλος. Στρατιωτικός σύμβουλος ήταν ο Παυσανίας Κατσώτας ο οποίος δεν βρισκόταν στην κορυφή της στρατιωτικής ιεραρχίας του κυβερνητικού στρατοπέδου.
